Nasir berpindah bersama keluarganya ke Malaysia pada tahun 1984, di mana beliau mendapat kerakyatannya secara naturalisasi pada tahun 1989.[3]

Beliau berkahwin dengan vokalis kumpulan Ideal Sisters, Junainah Johari pada 1984 dan dikurniakan lima anak, empat anak lelaki – Ilham, Yassin, Hidayat dan Shafie serta seorang anak perempuan – Nurnilam Sari. Junainah meninggal dunia pada 8 Ogos 1998 akibat asma,[10] meninggalkan Ilham, Yassin, Ilham, Shafie dan Nurnilam Sari di bawah jagaan M. Nasir. Beliau berkahwin kaIi kedua dengan pelakon dan penulis skrip Marlia Musa pada 2000 dan dikurniakan seorang anak perempuan bernama Suci Musalmah.[10][11]